Het Korps is samengesteld uit vier operationele infanteriebataljons. Daarvan zijn er twee in Nederland gestationeerd en een derde bataljon is mobilisabel, dat wil zeggen op korte termijn oproepbaar.
De wapens en uitrusting van dit derde bataljon staan permanent gereed. Eenheden van het vierde bataljon bevinden zich op de Nederlandse Antillen en Aruba. Verder beschikt het Korps over een gevechtssteunbataljon en een logistiek bataljon. In het gevechtssteunbataljon zijn de ondersteunende eenheden geconcentreerd zoals het amfibisch verkenningspeloton, waarin kikvorsmannen zijn ondergebracht; de bootcompagnie met landingsvaartuigen en de 120 mm mortier compagnieën, die voor de nodige vuursteun zorgen. Het anti-luchtdoel-peloton is met Stingerraketten uitgerust. De Bijzondere Bijstandseenheid (BBE) kan op verzoek van de minister van Justitie worden ingezet, bijvoorbeeld bij het helpen beëindigen van gijzelingen of kapingen. In het logistieke bataljon zijn de administratieve- en verzorgende elementen bijeengebracht. De infanteriebataljons hebben een sterkte van 520 man. De totale korpssterkte bedraagt ongeveer 3.000 man. Vrouwen maken geen deel uit van het Korps mariniers. De infanteriebataljons zijn organisatorisch weer onderverdeeld in drie compagnieën van 105 man met ieder een compagniesstaf. Een compagnie bestaat uit drie pelotons van 33 man met een staf en een peloton bestaat uit drie geweergroepen van acht mariniers met ieder een commandant. De geweergroep is de kleinste tactische eenheid van het Korps.
De operationele eenheden vormen samen met de staf- en verzorgingsgroepen en de gevechtssteuneenheden de Groep Operationele Eenheden Mariniers (GOEM), die in de Van Braam Houckgeestkazerne in Doorn is ondergebracht. Het grote voordeel van deze wijze van organiseren is dat nu voor elke operatie in binnen-en buitenland een juiste samenstelling van gevechts- en ondersteuningseenheden kan worden geformeerd.
Alle opleidingen bij het Korps mariniers zijn geconcentreerd bij het Mariniers Opleidings Centrum in de Van Ghentkazerne in Rotterdam, terwijl de amfibische opleidingen en training plaatsvinden bij de Joost Dourleinkazerne op Texel. Een ander bijzonder organisatorisch aspect van het Korps is de logistieke ondersteuning. Alle eenheden, in welke samenstelling dan ook, moeten voortdurend van de nodige uitrusting worden voorzien. Of het nu slaapzakken, mortiermunitie of radio-onderdelen betreft, de hele logistieke ondersteuning is er op gericht de man in het veld optimaal te laten functioneren. Door bevoorrading op maat functioneert het Korps op het hoogst bereikbare niveau van zelfstandigheid. Het kan daarmee in eerste aanleg onafhankelijk ingezet worden zonder aan een vaste logistieke basis vast te zitten.
Bij ontplooiing op langere termijn echter is een regelmatige aanvoer van materieel noodzakelijk. Daarom is het binnenkort aan de vloot toe te voegen Landing Platform Dock (LPD) erg belangrijk. De afhankelijkheid van een logistieke basis of van de vervoerscapaciteit van de Royal Navy is daarmee aanzienlijk teruggedrongen. Het Nederlandse Korps mariniers is daarmee een nog volwaardiger partner van de 'Royal Marines' geworden en zal met de komst van het LPD zijn strategische mobiliteit vergroten.
